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Cre重组酶(Cyclization Recombination Enzyme)是最常用的位点特异DNA重组酶，克隆自噬菌体P1，由343个氨基酸组成。Cre的作用位点是34bp的LoxP序列。一些LoxP突变体也能被Cre识别，包括Lox2272，Lox511等，通常这些突变体只能与自身相同序列发生重组。在同一个DNA分子上，根据发生重组的两个Lox序列的方向不同，处于这两个序列之间的序列会发生缺失或是颠倒。

hEF1a启动子，从人翻译延伸因子1A1（eukaryotic translation elongation factor 1 alpha 1（EEF1A1））的启动子区克隆得到，长度为1.3kb，组成型表达，无细胞组织特异性。

fDIO，或者称fDiO (Flp controled Double-floxed inverse Orientation)，是和Flp配合控制目的基因表达的元件，一般由两对互不相容的Frt序列组成，特征序列是Frt-间隔1-Frt5-GOIr-Ftrr-间隔2-Frt5r。当有Flp存在时，任一对Frt序列都有可能发生重组，因为每对Frt都是相反方向的，所以重组会导致他们之间的序列发生颠倒，例如Frt先发生重组会形成Frt-GOI-Frt5r-间隔1r-Frtr-间隔2-Frt5r，这时两个Frt5的方向由之前的相反变成相同，它们之间发生第二次重组就会使Ftrr缺失，形成Ftr-GOI-Frt5r，由于Frt和Frt5之间不能发生重组，目的基因的位置就固定下来。Frt5先发生重组，结果也是一样的。通常我们会插入目的基因使它的序列和启动子相反，也就是刚开始的时候不表达，Cre作用后目的基因开始表达。