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CAG启动子，是CMV启动子（C），鸡β-肌动蛋白内含子（A）和兔β-珠蛋白的内含子区的组合体（G）。它是一个强启动子的组成型启动子，没有细胞组织特异性。

FLEX，或者称FLEx (“flip-excision”)，是和Cre配合控制目的基因表达的元件，一般由两对互不相容的Lox序列组成，特征序列是Lox2722r-间隔1-LoxP-GOIr-Lox2722-间隔2-LoxPr。当有Cre存在时，任一对Lox序列都有可能发生重组，因为每对Lox都是相反方向的，所以重组会导致他们之间的序列发生颠倒，例如Lox2722先发生重组会形成Lox2722r-GOI-LoxPr-间隔1r-Lox2722-间隔2-LoxPr，这时两个LoxP的方向由之前的相反变成相同，它们之间发生第二次重组就会使Lox2722缺失，形成Lox2722r-GOI-LoxPr，由于Lox2722r和LoxPr之间不能发生重组，目的基因的位置就固定下来。LoxP先发生重组，结果也是一样的。通常我们会插入目的基因使它的序列和启动子相反，也就是刚开始的时候不表达，Cre作用后目的基因开始表达。FLEX和DIO是非常接近的，除了所用的间隔1和间隔2序列有所不同。

ChIEF，是ChR1和ChR2两个蛋白的融合体，同时在170位的Ile突变为Val。这个蛋白的特点是长时间光照下，平台期电流和峰值电流的比值较大，也就意味着光照下通道的失活较少，适合长时间刺激。Ile的突变加快了通道的关闭速度，使得ChIEF适合做高频的刺激使用。Karl实验室比较过ChIEF和hChR2(E123A)在parvalbumin神经元中做高频刺激，效果相当。oChIEF是经过密码子优化的版本。