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Cre重组酶(Cyclization Recombination Enzyme)是最常用的位点特异DNA重组酶，克隆自噬菌体P1，由343个氨基酸组成。Cre的作用位点是34bp的LoxP序列。一些LoxP突变体也能被Cre识别，包括Lox2272，Lox511等，通常这些突变体只能与自身相同序列发生重组。在同一个DNA分子上，根据发生重组的两个Lox序列的方向不同，处于这两个序列之间的序列会发生缺失或是颠倒。